Výstupy projektu Národní základna humanitární pomoci podpořeného Integrovaným operačním programem jsou využívány také v souvislosti s uprchlickou krizí. V nedávné době s využitím kapacit Národní základny humanitární pomoci byla vyslána humanitární pomoc pro nouzové ubytování uprchlíků do Makedonie, Slovinska, Chorvatska či Maďarska. Jednalo se převážně o stany s vybavením (Maďarsko, Slovinsko, Chorvatsko, Makedonie) či samostatné topné soustavy (Maďarsko).