Ministerstvo dopravy s výrokem „bez výhrad“ absolvovalo takzvaný audit designace, který se především zaměřuje na to, zda je správně nastaven systém řízení a kontroly operačního programu. Audit prokázal, že žádná pochybení na straně Ministerstva dopravy nejsou. Ministerstvo dopravy je mezi prvními resorty, které tímto procesem úspěšně prošly.

Ministerstvo dopravy – Odbor fondů EU splnilo absolvováním auditu všechny podmínky pro to, aby mohlo plnit roli Řídicího orgánu Operačního programu Doprava pro programové období 2014 – 2020. Bude tak moci čerpat finanční prostředky z fondů EU.

Téměř rok trvající audit probíhal od 15. 7. 2015 do 30. 6. 2016 a provedlo ho Ministerstvo financí. Dle finální zprávy se jediná výtka týká požadavku Evropské komise na rozkrývání vlastnické struktury příjemců podpory do úrovně konečných vlastníků. Nastavení kontrolních mechanismů v tomto bodě souvisí s připravovanou novelou zákona o praní špinavých peněz. Jakmile bude přijata, může Ministerstvo dopravy plně odstranit i tuto jedinou výtku ze strany auditorů.