Integrované nástroje (IN) tvoří specifický systém podpory IROP, jejichž cílem je koncentrovat podporu do vybraného území na základě potřeb zjištěných podrobnou analýzou. V programovém období 2014-2020 je pro IN určeno přibližně 30 % alokace IROP. Vzhledem k tomu, že se jedná o novinku v tomto programovém období, bylo nutné, aby se všechny zainteresované subjekty seznámily s požadavky a pravidly pro IN. Dětské krůčky však již mají IN za sebou a nyní se začíná rozbíhat vyhlašování integrovaných výzev.