Cílem programu je identifikovat, popsat a rozšířit přístupy vedoucí k správnému řízení programů Evropské územní spolupráce (EÚS), neboť vzájemná kooperace institucí členských států těchto programů je mimořádně složitá. Ve své podstatě lze program INTERACT považovat za servisní program.Řídícím orgánem je Bratislavský samosprávný kraj. INTERACT III dále využívá čtyři kontaktní místa programu, to Valencii (Španělsko), Viborg (Dánsko), Vídeň (Rakousko) a Turku (Finsko). Národním koordinátorem i Národním kontaktním místem je Ministerstvo pro místní rozvoj ČR.