Prioritou Integrovaného regionálního operačního programu je umožnění vyváženého rozvoje území, zlepšení veřejných služeb a veřejné správy a zajištění udržitelného rozvoje v obcích, městech a regionech. Cíle programu mohou být dosaženy snižováním územních rozdílů, zkvalitněním infrastruktury a posílením konkurenceschopnosti v regionech. Dále pak posílením veřejných služeb, zaměstnanosti a podpory vzdělanosti a posílením institucionální kapacity veřejné správy. Řídícím orgánem IROP je Ministerstvo pro místní rozvoj ČR.