Metodický pokyn obsahuje závazné postupy a pravidla pro jednotlivé subjekty implementační struktury (zejména ministerstva v pozicích řídicích orgánů a zprostředkujících subjektů) v oblasti finančního řízení Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu, Fondu soudržnosti a Evropského námořního a rybářského fondu a implementace příslušných operačních programů.