Cílem metodického pokynu je definovat základní jednotná pravidla a postupy při přípravě, provádění a schvalování revizí programů, a to při zohlednění specifik jednotlivých fondů. Vedle jednotných pravidel a postupů (viz kap. 5.5) metodický pokyn dále definuje role a odpovědnosti jednotlivých subjektů při provádění revizí (viz kap. 5.3). Za samotné provádění revizí odpovídá, stejně jako za celé řízení, na prvním místě samotný řídicí orgán programu. Kromě něj však do procesu řízení programu vstupuje také Národní orgán pro koordinaci a řízení Dohody o partnerství (dále jen MMR-NOK), který je odpovědný za řízení a koordinaci realizace Dohody o partnerství (dále jen DoP) za účelem naplňování jejích cílů prostřednictvím plnění cílů jednotlivých programů. V rámci procesu provádění revizí MMR-NOK připravuje ve spolupráci s ŘO návrhy revizí programů v rámci Výroční zprávy o implementaci DoP. Návrhy revizí programů a realokací prostředků mezi nimi předkládá MMR-NOK k projednání Radě pro Evropské strukturální a investiční fondy a následně vládě ČR ke schválení.